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藤井八雲の元へある日現れた少女・パイ。チベットから来た彼女は伝説の妖怪「三只眼」の唯一の生き残りだった。「人間になりたい」と言う彼女の話を、最初は信じなかった八雲だが、パイの力で命を助けられ、不死身の身体となる。不老不死となった八雲は、額に第３の眼を持つパイと共に、人間になる方法を探して旅立つ――!!壮大なスケールで描く冒険伝奇ロマン大作！

香港から無事日本へ帰ってきた八雲とパイ。八雲は久しぶりに元の生活をとり戻し、学校の仲間たちにも再会した。しかし、不死身の身体になった八雲を目の当たりにした仲間たちは、八雲を敬遠した。「もう一度、人間になりたい――。」日本を出る決意を固めた八雲だったが、不老不死の秘密を狙って襲ってきた妖怪に、仲間の夏子が身体を乗っ取られてしまう。

妖怪たちが「鬼眼王」なる闇の王を復活させようとしていることを知ったパイは、鬼眼王の「无（ウー）」ベナレスのもとに単身乗り込み、戻ってこなかった。パイを探し出し、二人で人間に戻る日を夢見て、八雲は旅に出た。そして４年の月日が流れた――。パイは記憶を失い、能力を封印されて、日本で引き取られ高校へ通っていた。八雲はついにパイを見つけたが…!?

ついに再会した八雲とパイだったが、パイは記憶を失っていた。八雲に自分が人間ではなく、妖怪であることを聞かされ、混乱するパイ。しかし、不老不死を求める妖魔たちが次々と彼女を襲うに至って彼の言葉を信じざるをえなくなる。そしてパイは、八雲と共に記憶を取り戻す旅に出る。その先に彼女と八雲の予想をはるかに超える衝撃の真実が待っているとも知らず…。

八雲とパイは三只眼の故郷を探すため、その鍵となる香炉を求めて中国へ向かう。同じく香炉を探す古美術窃盗のマクドナルドと共に、香炉を手に入れた八雲とパイだったが、天帝の下界の都「昆侖」の場所がわからず、手がかりを探していた。聖地を守る者たちに捕えられた八雲らだったが、パイが三只眼とわかり、僧院長は死の間際、パイに聖地に関する情報を伝える。

鬼眼王やベナレスの脅威もなくなり、パイとの新しい生活を夢見て調理師学校へ通う八雲。再び八雲の元へ現れたパイは、封印が解かれ、東京湾の上に出来てしまった穴をふさぐためにやってきたと言う。穴をあけた「聖地への鍵」を探す手伝いを頼まれた八雲だったが、その矢先、再びパイは八雲の元から姿を消してしまう。今度会う時は人間になってから、と書置きを残して…。

パイは、鬼眼王が滅んでも人間にならない限り、不老不死を望む妖魔たちに追われ続け、普通の生活はできないと八雲に告げる。折しも、東京湾上空にあった昆侖を何者かが開き、巨大妖魔「太歳」が東京を混乱に陥れていた。事件は解決したものの、再び友人を巻き込んでしまった八雲はパイと共に旅立った。ところが、八雲たちの乗った飛行機が憑魔一族に襲われて…!?

八雲たちを襲って飛行機を墜落させた憑魔一族は、はるか昔、三只眼から不老不死の術を得て子孫を残していた。しかし、三百年前に三只眼が絶滅してしまい、庇護を必要としている彼らは、三只眼唯一の生き残りであるパイを探していた。憑魔一族に捕えられ、リンド共和国へ連れ去られたパイ。パイを追って憑魔一族王の宮殿へ向かった八雲は、隙をついてパイと逃げ出した。

憑魔の件が一段落し、妖撃社から妖怪退治の仕事を請け負った八雲はマレーシアへ飛んだ。仕事を依頼した日本企業では、大型トラックを一撃で破壊されるなど、死亡者が相次いでおり、日本人ばかりを狙った残虐な犯行に頭を悩ませていた。雨の日に外に出るなと訴える現地の少女・プティ。日本人を襲っている妖怪の正体は、日本人に殺され、恨みを持った彼女の姉だった。

人間になる方法を探し、世界中を旅した八雲とパイ。その旅もいよいよ終わる時がきた。憑魔一族の協力により聖魔石のかけらが発見できたのだ。聖魔石から残存思念を呼び出せば、人化の法もわかるはず。そう考えていた八雲は、人間になって日本へ帰り、パイと二人で暮らす事を夢見ていた。しかし、鬼眼王の残存思念は三只眼の意識を捕らえ、深い眠りにつかせてしまう。

鬼眼王の残存思念により、深い眠りについてしまったパイ。八雲とハーンはパイを救うため、パイの精神世界にダイブする。そこは、三只眼吽迦羅一族が繁栄し、鬼眼王が絶大な権力をもって君臨する「聖地」の情景だった。八雲は、300年前の聖地で、パイを捜し出し、現実世界に連れ帰ろうとする。聖魔たちの世紀で、八雲が見る真実の歴史と「人化の法」の正体とは!?

300年前の聖地で、三只眼が三人いないと「人化の法」は行えないという事実が判明する。パイの他にあと二人の三只眼が生存するだろうか――。衝撃を受ける八雲たちの前に、倒したはずのベナレスが現れ、鬼眼王の健在を顕らかにした。黄さんが死に、妖激社は倒産。部下たちも消えた。東京へ戻って来た八雲とパイはベナレスの情報を得るための手がかり、綾小路葉子に接触する。

綾小路葉子は「化蛇」の記憶まで取り戻し、力を制御することに成功した。しかし、到底力が及ばない八雲にベナレスの居場所は教えられないと言う。その昔、ベナレスを封じた魔道士がイギリスにいると知り、イギリスに飛んだパイと八雲。魔道士マドゥライを継ぐ人間を捜し、二人が向かったロンドンでは、手首だけを残し焼死するという謎の連続人体発火事件が起こっていた。

記憶を取り戻した魔道士マドゥライは、ベナレスと同等の力をつけるには「鬼眼五将の行」が必要だと八雲に教えた。「鬼眼五将の行」とは三只眼強化の法。失敗すれば二人は二度と会えないかもしれない――。八雲を残してパイは旅立った。一方、八雲はヴィシュヌ神復活阻止のため、パルジャニアへ向かう。復活してしまったヴィシュヌ神は三只眼なのか、その正体は!?