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地下鉄のホームで撥ねられ死んだはずの玄野、加藤は謎のマンションの一室に一瞬にして転送される。そこに置かれた得体の知れない黒い球の指令により、ねぎ星人の暗殺を命じられた玄野らは、状況を把握できないままねぎ星人の元へと転送される。マンションにいた仲間によってねぎ星人は殺されるが、新たなねぎ星人が現れ…。

ジュニアねぎ星人を殺された怒りで大きなねぎ星人はヤクザたちをつぎつぎと惨殺する。辺りに広がる血の海。遅れて駆けつけた玄野は恐怖のあまり逃げ出すが、ねぎ星人に追いつかれてしまう。絶体絶命の危機。その時、加藤は身を挺して玄野の盾となり、切り刻まれる。加藤の無心の勇気に、遂に玄野もねぎ星人に立ち向かうが…。

ねぎ星人との死闘から辛くも生還できた玄野らがそれぞれの生活を送り始めた頃、ガンツは、新たな死者を次々と集め出す。リンチで死んだ暴走族、事故死した老婆と孫、北条と貞子。その一方で動物殺しという異常行動で日夜快楽を得る西…。そして突然、西を玄野らを金縛りが襲う。彼らは、再び謎の部屋へ集められ田中星人捕獲のための指令を受けるのだが…！

田中星人捕獲のための指令を受け玄野たちはガンツによって転送される。転送早々田中星人に遭遇する玄野。変わったその姿、不気味な小動物を連れ歩き、さらには「裕三くん？」と謎の呼びかけをする星人にとまどう玄野たち。ところがそれまで姿を消していた西が田中星人に攻撃を加え始める。壮絶な叫び声をあげ反撃を開始する田中星人。そして多くの謎を知っているはずの西はついに……！

族たちに命令され、星人探しに出かけた玄野は古いアパートで田中星人に遭遇。巨大なボス田中星人を前に逃げ出す玄野だが、捕獲されてしまう。空中での死闘に勝利した玄野だが加藤と岸本の関係に次第に不快感を覚え始める。一方、現実に戻った族はガンツに与えられた拳銃の威力を試したために消されてしまう。そして再び転送が始まりマンションへと集められる玄野たちだが、そこには何と…？

見ず知らずの者が集められた部屋でガンツが映し出した標的は仁王の姿をした星人。そんな中、玄野は岸本への未練や怒りから衝動的に自分に興味を持つ年上の女と関係を持つ。転送が始まり敵の巨大さに圧倒される面々だが、待ち望んだ殺戮の世界に戻ってきた玄野は、果敢に挑み、敵一体を撃破。その姿に初めて参加した人間たちは気勢を上げる。暴走する玄野に西の姿を見出す加藤の心には次第に……。

圧倒的サイズの大仏型の星人に蹂躙されるメンバーたち。チームプレイも歯が立たず、大勢が生存を諦める敗色濃厚の戦況の中、玄野は、一対一で大仏を仕留めることに成功する。だが、ボスと思われた大仏の後にも次々と現れる強敵の前に、北条、サダコ、加藤をかばった岸本までもが命を落としてしまう。そして、岸本の死に冷静さを失った玄野もまた、真のボス・千手観音の前に敗れてしまう……！

奮戦する加藤らによりミッションは達成されるが、何故かマンションに転送されて来たのは玄野1人。玄野は、仲間が全滅してしまったという事実に気づき、絶望の底に。そんな折、玄野のクラスに転校生がやってくる。加藤に面影が似たその男は、なんとガンツのことを知っていた。そして、玄野は「黒い球の部屋」というホームページの存在を教えられるのだった……。

ビルの屋上に転送された玄野は1人きりでミッションに挑戦。しかし、チビ星人に圧倒された玄野は初めてミッション遂行を失敗。逃げ惑うまま、タイムオーバーを迎えてしまう。そして後日、仲間をやられたチビ星人が復讐のため玄野の学校を強襲。星人との戦いはついに日常生活までも侵食し始める。クラスメイトのほとんどが虐殺される中、玄野は再びチビ星人に挑む決意を固めるのだが……！

小島を守りながら戦う玄野は、機動隊の包囲する中、チビ星人に止めを刺す。しかし、機動隊員にも目撃されたはずの星人の存在は全く報道されない。玄野は真実が隠蔽されていることを知るのだった。そして新展開――。超能力を手に入れた自殺未遂少年・桜井、世界一の強さを求める大男・風と、続々と新たな者達が現れる。彼らもまた、ガンツ世界の住人となるべく運命付けられた人間なのか！

玄野に執拗に興味を持つ転校生・和泉は、自らがかつてガンツに召還されていたことを玄野に告白。星人狩りの刺激と興奮を再び手に入れるため、ガンツの命令に従い、新宿で大量虐殺を行うと予告する。そして、犯行の日曜日。恋人・小島を新宿に誘き出されたことを知り新宿に急ぐ玄野。しかし、到着を待つ間もなく、新宿は和泉の凶行により血の海と化していく…！

新宿で虐殺事件を完遂した和泉。小島を人質にとられた玄野は都庁の展望室で直接対決することに。勝負は相撃ちに終わるが、絶命寸前、2人はマンションへ転送される。今回のミッションの相手は、恐竜。スーツを着ていない玄野は15点以上の獲得を義務付けられ窮地に。一方、念願のガンツ世界に復帰した和泉は、単身、星人に戦いを挑み次々と撃破していく！

スーツを着た初老の男とタッグを組んでかっぺ星人たちに応戦する玄野は、新兵器であるバイクを操り、次々と大型恐竜の群れを倒していく。その姿に、周囲の人間たちは、玄野をリーダーに指名。初めて周囲から認められた玄野は、皆を守る為に、先頭を切って戦う。脳裏に浮かぶ加藤の姿。玄野は、かつての加藤に思いを馳せながら、リーダーの自覚を抱き始める――。

スーツ未着用ながら、最後の標的である巨大な首長竜を仕留めた玄野。しかし、ミッション終了と思われた矢先、見知らぬ黒服の男達の襲撃が！　正体不明、玄野も和泉も知らない敵の出現に生存者の多くが転送前に犠牲になる。日常へ戻った後も生存メンバーと結束を固める玄野。だが、ミッション外でも干渉してくる黒服集団に、平穏はあっさりと崩されていく…。

渋谷で黒服軍団の襲撃を受けた玄野と和泉だが、加勢を拒否する玄野を嘲笑うかのように和泉は単独で黒服軍団を一掃する。一方、日常時に攻撃を受けたことにより、小島に被害が及ぶことを恐れ始めた玄野。そんな折、玄野とアイドルのレイカとの密会が発覚。小島との別離が訪れる。悲しみに耐え、ミッションに挑みつづける玄野。だが、ガンツが表示した標的は…。